Dimorando ancora l'Imperador Federico in Sicilia, preso dall'ameno sito di Napoli, dirizzò i suoi pensieri in favorirla sopra tutte l'altre città del Regno di Puglia. Coloro, che non vogliono farne autore il Re Guglielmo, narrano, che nel seguente anno 1223 facesse Federico edificar in Napoli il castello capuano scrivendo che quelli dell'Uovo, e di S. Eramo solamente fossero stati edificati da' Normanni. Questo Principe fu il primo che gettò le fondamenta, onde col correr degli anni, divenuta questa città capo e metropoli d'un sì bel Regno, s'ergesse sopra tutte le altre; poichè nel seguente anno 1224 avendo quivi istituiti gli studj generali, fu cagione che si rendesse più numerosa d'abitatori, concorrendo in quella non pur gli scolari di tutte le altre province, ma di Sicilia istessa, secondo gl'inviti ch'e' ne fece, come diremo più innanzi.

Guerreggiò ancora in quest'anno 1223 di nuovo co' Saraceni di Sicilia, assediandogli e combattendogli in diversi luoghi, come molesti e perturbatori della quiete de' Siciliani; e da poi che gli ebbe soggiogati temendo lasciargli in quest'isola, come troppo vicina all'Affrica, donde spesso ricevevano soccorsi, ne trasportò in Puglia un grosso numero, e lor diede ad abitare la città di Lucera, e questa fu la prima loro trasmigrazione di Sicilia in Lucera, fatta Colonia dei Saraceni. La seconda fu fatta nell'anno 1247 quando Federico il misero avanzo, che d'essi era rimasto in quell'isola, lo trasportò nell'altra Lucera detta perciò de' Pagani; ed avendo a' primi, che trasportò in Puglia, dato in processo di tempo in lor potere tutta la Japigia, ora detta Capitanata, portarono molto incomodo a questa provincia, non cessando d'affliggerla con infinite cattività e licenze militari, essendo lor sofferto il tutto da Federico, e poi da Manfredi, poichè come valorosi, d'essi si servivano assai utilmente in diverse guerre contro i Pontefici romani, e contro altri Signori o città d'Italia; infinchè Carlo I d'Angiò dopo l'acquisto del Regno, con una lunga guerra, e con poderosi eserciti non gli scacciasse, secondo che nel progresso di quest'Istoria racconteremo.