Federico intanto, a cui premea l'elezione del nuovo Pontefice, andò amichevolmente verso Roma, sollecitando i Cardinali all'elezione, come si vede per una sua epistola nel libro di Pietro delle Vigne; e nello stesso tempo morì di natural morte nel Reame il Gran Giustiziero Errico di Morra.
Succeduto poi l'anno di Cristo 1243, e non risolvendosi i Cardinali a crear Papa a suo piacimento, entrò irato ne' tenimenti di Roma, e quelli abbattè e distrusse, siccome scrive Riccardo; anzi perchè i Romani rovesciaron ne' Cardinali l'indugio dell'elezione, non solo occupò le lor Chiese, ma distrusse le lor ville e poderi, con rimaner distrutto per man de' Saraceni Albano, ch'era d'un Cardinale. Fece torre dalla Badia di Grotta Ferrata due statue di bronzo, e portarle a Lucera di Puglia, e rappacificatosi poi coi Romani, rimise in libertà e rimandò onoratamente in Roma il Cardinal di Preneste, che avea fatto sin allora strettamente sostenere in Rocca Janola, avendo parimente alcun tempo prima rimesso in libertà il Cardinal Ottone, ed a Roma inviatolo, perchè intervenisse alla creazion del Papa; i quali due Cardinali per serbar la fede promessa, erano dopo la creazione di Celestino ritornati di lor volere in prigione. Il perchè assembrati di nuovo tutti i Cardinali in Alagna a' 24 giugno nella festa di S. Giovanni Battista crearono Papa Sinibaldo Fieschi genovese, de' Conti di Lavagna, Cardinal di S. Lorenzo, il quale fu consegrato il giorno de' SS. Apostoli Pietro e Paolo, e nomato Innocenzio IV.
Era questi stato carissimo, e particolar amico di Federico, il perchè significatane prestamente la novella, come di cosa, che si giudicava dovergli essere carissima, comandò, che si rendessero grazie a Dio per tutto il Regno, ed inviò l'Arcivescovo di Palermo, Pietro delle Vigne, e Taddeo da Sessa suoi Ambasciadori a rallegrarsi con sue amorevolissime lettere della di lui assunzione al Ponteficato[377]: per la qual cosa i Popoli d'Italia giudicarono, che sarebbero senza fallo pacificamente vivuti, togliendosi insieme le discordie, che gli avean così acerbamente afflitti; ma Federico, che conoscea l'animo d'Innocenzio, rispose agli amici, che seco di ciò si rallegravano, che egli avea fortissima cagione di dolersi, perciocchè avea perduto un suo carissimo amico Cardinale, ed era stato creato un Papa, che gli sarebbe stato fierissimo nemico, come appunto addivenne; perciocchè appena che Innocenzio si vide sul trono, fece significare a Federico, che egli col Ponteficato avea parimente presa la cura di difendere le ragioni della Chiesa, ed inviò Pietro Arcivescovo di Roano, Guglielmo Vescovo di Modena, e Guglielmo Abate di S. Facondo ad intimargli, che dovesse purgarsi di tutte l'accuse, che gli erano state apposte, e che se in alcuna cosa avesse egli offesa la Chiesa, n'avesse avuto tosto a far l'emenda ad arbitrio d'alcuni, che egli avrebbe per ciò eletti[378]. Federico udite le insolenti proposizioni fattegli dal Papa, le ributtò immantenente, e fece guardare i porti e le strade, acciocchè Innocenzio non scrivesse lettere sopra cotali affari a' Signori ed a' Popoli di là dell'Alpi; ed accortosi, che Innocenzio per mezzo d'alcuni Frati Cordiglieri inviati da lui per messi in detti luoghi, proccurava tirar a se l'inclinazione di que' Signori e Popoli, fece tendere insidie a' detti Frati, e trovatigli, gli fece impiccar tutti per la gola.
Il Pontefice intanto nel mese d'ottobre di Alagna, ove era stato eletto, ed ancor dimorava, se ne passò in Roma, e fu con grandissima pompa ed onor ricevuto; nè guari da poi andò da lui il Conte di Tolosa, che era d'alcun tempo prima venuto in Puglia a ritrovar Federico, per proccurare, se potesse, di concordargli insieme.
Qui termina la sua Cronaca Riccardo da S. Germano, senza la cui guida per alcuni anni non avremo sì fatta chiarezza, come per addietro, dell'opere di Federico, e degli altri avvenimenti di que' tempi.
Entrato poscia il nuovo anno di Cristo 1244, Federico ritornò col suo esercito nello Stato della Chiesa; ma nondimeno mosso dalle preghiere degli amici, e dalle continue ammonizioni degli altri Principi cristiani, si dispose a voler accordarsi col Pontefice; onde inviò di nuovo il Conte di Tolosa, Pietro delle Vigne, e Taddeo di Sessa per suoi Proccuratori ed Ambasciadori in Roma, per mezzo de' quali nel giorno di Pasqua di Resurrezione in presenza di Baldovino Imperador di Costantinopoli, che colà dimorava, promise, che si sarebbe rimesso al prudente arbitrio d'Innocenzio, e che avrebbe lasciato in pace le ragioni, ed i luoghi della Chiesa; onde datosi cominciamento al trattato, il Pontefice, perchè da vicino l'affare potesse trattarsi, passò con molti Cardinali a Civita Castellana, e di là a Sutri. Federico prima d'ogni altro pretendeva, che fosse assoluto dalla scomunica ingiustamente fulminatagli da Gregorio suo predecessore; ma Innocenzio all'incontro non voleva in guisa alcuna assolverlo, se prima non restituiva tutto ciò, che egli diceva aver tolto alla Chiesa; per la qual cosa rottosi ogni trattato, Federico incominciò apertamente a minacciarlo, ed a trattar parimente d'averlo in suo potere; del che accortosi il Papa proccurò partir di colà prestamente per iscampar le sue insidie. Significò dunque per mezzo d'un Frate Cordigliere a Filippo Vicedomini Podestà di Genova, che con galee armate, e co' suoi nipoti del Fieschi venisse a levarlo nella più vicina riviera del mare, ed il Senato di ciò fatto consapevole dal Podestà, conchiuse, che con 22 galee si dovesse soccorrere Innocenzio. Apprestatosi il navilio, vi s'imbarcò sopra Alberto, Jacopo, ed Ugone del Fiesco, figliuoli del fratello d'Innocenzio, fingendo altra cagione al navigare, per non dar sospetto alla fazion, che Federico avea in Genova: si partirono dal porto di Genova a' 11 giugno, e con felice viaggio pervennero a Civita Vecchia senz'altro intoppo, ove trovarono Innocenzio, il quale montato sulla loro armata, giunse a Porto Venere, ed indi a Genova, ove fu con sommo onore ricevuto, e gli altri Cardinali, ch'eran rimasti a Sutri, poco stante sconosciuti per diversi cammini, col favor de' Milanesi, salvi anch'essi a Genova pervennero. Ma Federico risaputa la certa partita del Pontefice, munì e fortificò tutti i luoghi del Patrimonio, ch'avea in suo potere, e poscia se n'andò a Pisa, donde inviati suoi Ambasciadori a Parma (ove sapea aver molti parenti Innocenzio, per avervi maritate alcune sue sorelle) acciocchè provvedessero, che non vi succedesse qualche rivoltura e tumulto, ed i Parmegiani nella sua fede confermassero, partì da poi da Toscana, e ritornò nel Reame.
Innocenzio intanto giunto a Genova, ed accertatosi maggiormente, che Federico non intendea di lasciare cos'alcuna, se non era prima dalle censure assoluto, al che in niun modo voleva egli venire: per movere più fiera procella contro Federico, pensò allontanarsi da Italia, ed accompagnato da' Cardinali, e da altri Prelati e Baroni romani co' Marchesi di Monferrato e del Carretto n'andò ad Asti, e di là felicemente pervenne a Lione di Francia. Ivi dal Re Lodovico IX con ogni onor raccolto, incontanente intimò il Concilio, che Gregorio tanto avea bramato di ragunare, senza aver potuto ottenerlo: citando tutti i Prelati di Cristianità a venirvi nel giorno del natale di S. Giovanni Battista; e per dare più speziosa apparenza al Concilio, appoggiava la cagione di farlo per lo soccorso, che dovea darsi a' Cristiani, che guerreggiavano in Terra Santa, ove per le discordie con Federico erano ridotti a mal partito; si soggiungeva ancora, che in esso dovea trattarsi del modo di ridurre in pace i travagliati affari della Chiesa in Italia; ma il vero era di doversi trattare della deposizione di Federico. Questi all'incontro avendo penetrati i disegni d'Innocenzio, non mancò nel medesimo tempo di scrivere una sua lunga lettera a tutti i Principi del Mondo, con iscovrire i disegni del Pontefice, rappresentando loro, ch'erano questi pretesti, e che non poteva non conoscersi chiaramente, non esser tempo per lui d'attendere al soccorso di Soria, quando Innocenzio proccurava sconvolgergli con sedizioni li suoi Stati d'Italia, e che tutto il male e la ruina di Gerusalemme dovea incolparsi al Pontefice; poichè la discordia, che era in que' Santi luoghi fra i Templarj e gli Spedalieri, era fomentata da lui, per esser questi seguaci del Pontefice e suoi Ministri.
Con questi avvenimenti passato l'anno 1244 nel quale l'Italia era stata miseramente travagliata, oltre alla guerra, da fame e peste crudelissima, nel principio del seguente anno 1245 vedendo Federico, che il Concilio convocato in Lione era contro di lui, propose di tornar in Lombardia per opporsi nel miglior modo, che potea a' disegni del Pontefice; e giunto a Verona convocò ivi un general Parlamento, nel quale convennero molti Baroni italiani e tedeschi, e fra di essi Corrado figliuolo di Balduino Imperadore di Costantinopoli, il Duca d'Austria, ed il Duca di Moravia con Ezellino; e dato assetto a diversi affari d'Italia, si dolse acerbamente d'Innocenzio, purgossi dalle colpe che gli opponeva, e deliberò mandar suoi Legati al Concilio Pietro delle Vigne, e Taddeo di Sessa, acciocchè s'opponessero agli attentati del Pontefice, siccome in effetto andarono in Lione, dove anche intendea condursi Federico; onde partito di Verona s'avviò per passare oltra i monti, e gire al Concilio; ma giunto a Torino intese, come a' 27 luglio il Papa avea dato contro di lui sentenza, privandolo del Reame di Puglia e di Sicilia, e della Corona imperiale, come rubello, nemico, e persecutor di Santa Chiesa.