In questo sedicesimo secolo ricevè il Pontificato Romano una delle più grandi e ruinose scosse, che dopo il suo innalzamento avesse avuto giammai. Per le cagioni, già riferite dell'eresia di Lutero, fece in Europa perdite lagrimevoli ed irreparabili. Molte province d'Alemagna si sottrassero; le Fiandre: l'Inghilterra, che fu un tempo la più sua ligia e fruttifera: la Scozia, ed i Regni del Nort si perderono affatto: la Francia ne fu pure in gran pericolo, e l'Italia dava di se gravi sospetti. Perdite, che mal si potevano compensare co' nuovi acquisti, che si facevano nell'Indie e nell'America: acquisti per Roma sterili ed infruttuosi. Turbava ancora l'animo de' Romani Pontefici il pensiero della convocazione d'un nuovo Concilio, riputato allora precisamente necessario per sedare le grandi rivoluzioni di Religione, onde tutta Europa era agitata e scossa. Ma non per tutto ciò si perderon di animo; nè co' Principi quantunque loro aderenti e congiunti (a' quali parimente premeva, che ne' loro Stati la Religione non s'alterasse) furono punto più indulgenti in rilasciando forse il rigore delle pretensioni, che nutrivano sopra le Chiese de' loro Dominj, e per altre loro pretensioni. L'Imperador Carlo V da poi che da Clemente VII riscosse quelle esorbitanti somme per riscatto della di lui persona, si curò poco, che nel nostro Regno gli Spogli delle nostre Chiese vacanti, e le Incamerazioni ricominciassero più severe che mai; s'imponessero spesse Decime a' Cleri ed a' Monasterj, dond'egli ne difalcava pure la sua parte; e per gli vantaggi ch'egli (siccome fecero dopoi tutti i Re suoi successori) ricavava con permissioni de' Pontefici dai Regni di Spagna, si curava poco de' suoi diritti, e molto meno de' nostri interessi, e di quelli delle nostre Chiese.

Nel trattato della pace, che come si disse, fu poi tra Cesare e Clemente conchiusa nell'anno 1532, venne largamente a disputarsi intorno alla presentazione delle Chiese Cattedrali del nostro Regno, pretese dai nostri Re di Patronato Regio. Essi fondavano il patronato, per avere i loro predecessori fondate le più insigni Cattedrali, che v'erano, e di ricche rendite e poderi dotate. I Normanni, come si è potuto vedere ne' precedenti libri di quest'Istoria, sin da' fondamenti n'ersero moltissime; e non fu picciolo beneficio d'averne molte sottratte dal Trono Costantinopolitano, e restituite al Trono Romano. Gli Angioini eziandio ne fondarono altre; onde siccome le Cattedrali di Spagna per questa ragione sono riputate tutte di Presentazione Regia, doveano parimente tali reputarsi le nostre, e per conseguenza tutti gli Arcivescovadi e Vescovadi, quando vacavano, doveano tutti provvedersi a presentazione e beneplacito del Re; ed ancorchè nel Regno degli Angioini si fosse tolto l'Assenso, che prima veniva ricercato nell'elezioni de' Prelati in tutte le nostre Chiese, siccome per ciò non si tolse l'Exequatur Regium, come altrove fu mostrato, così molto meno quella convenzione apposta nell'investiture, potè abbracciare le Chiese di Patronato Regio, dalla quale espressamente ne furono eccettuate; ond'è, che nel Regno moltissime Chiese e Beneficj, in tutte le nostre Province, siano rimasi di collazione o presentazione Regia; de' quali il Chioccarelli, il Tassone ed altri ne fecero lunghi cataloghi.

Il Reggente Muscettola, destinato allora Ambasciadore in Roma per Carlo V, per quest'affare sostenne la pretensione de' nostri Re; ma (siccom'è lo stile di quella Corte, che, sempre che il negozio si riduce in trattato, si cerca poi di tirarlo a composizione, col pretesto di togliere le discordie, ed un più lungo esame) si convenne con Clemente VII, che ventiquattro Chiese Cattedrali, cioè sette Arcivescovadi, e diciassette Vescovadi rimanessero di presentazione e nominazione Regia, e l'altre fossero riserbate alla disposizione del Papa. Furono dichiarate di Regia presentazione nella provincia di Terra di Lavoro li Vescovadi di Gaeta, di Pozzuoli e della Cerra. Nel Contado di Molise, il Vescovado della città di Trivento. In Principato citra l'Arcivescovado di Salerno, ed il Vescovado della città di Castellamare. In Principato ultra, il Vescovado della città d'Ariano. In Calabria citra, il Vescovo della città di Cassano. In Calabria ultra l'Arcivescovado di Reggio, e li Vescovadi di Cotrone, e di Tropea. In Basilicata (secondo la disposizione presente delle Province) l'Arcivescovado di Matera, al quale va ora unita la Chiesa di Cerenza, ed il Vescovado della città di Potenza. In Terra d'Otranto, l'Arcivescovado della Città d'Otranto, quello di Taranto, e l'altro di Brindisi, al quale andava allora unita la Chiesa d'Oira, il Vescovado di Gallipoli, e quelli di Mottula, e d'Ugento. In Terra di Bari, l'Arcivescovado della città di Trani, e li Vescovadi di Giovenazzo, e di Monopoli. In Apruzzo citra ed ultra, il Vescovado della città dell'Aquila, e quello di Lanciano, ora resa questa Chiesa Arcivescovile, ma non già Metropoli, per non avere suffraganeo alcuno. In Capitanata, non v'è Vescovado di Regia presentazione, ancorchè nella Chiesa di Lucera tutte le Dignità, e la metà de' Canonicati siano di collazione Regia, come altrove fu rapportato.

Questa fu la divisione, che si fece allora delle Chiese Cattedrali, che durò sino al presente, e fu inserita negli articoli di quella pace, nella quale espressamente s'esclusero gli altri Beneficj e Chiese non Cattedrali di patronato Regio, che sono moltissime, delle quali i nostri Re sono in possesso, quando vacano, di provvederle, e nelle loro vacanze destinar Regj Economi per l'esazione delle rendite, parte delle quali si assegnano per la loro reparazione e sostentamento, ed il rimanente si riserba a futuri successori.

Si curò anche poco l'Imperador Carlo, per le cagioni accennate, che s'imponessero da Roma nel nostro Regno nuovi gravamenti, fra quali il maggiore a' suoi tempi fu, che non essendosi quivi potuto introdurre il Tribunale dell'Inquisizione, se ne stabilisse un altro tutto nuovo, chiamato della Fabbrica di S. Pietro, di cui, come in suo luogo, bisogna qui rapportare l'origine e l'introduzione.