Preso ch'ebbe il governo del Regno D. Giovanni d'Austria, s'applicò a' mezzi, che e' credeva più proprj per estinguere tanto incendio, che ora più che mai ardea, non solo nella Metropoli, ma in tutte le Province; ed a tal fine pubblicò un editto, col quale invitava il popolo alla quiete, ed oltre alla concessione di moltissime grazie, gli prometteva un general perdono; ma questo editto pubblicato in tempo, che i disordini erano più cresciuti, produsse effetti contrarj; poichè essendo stati alcuni esemplari dell'editto affissi ne' quartieri, che eran tenuti dal popolo, furono immantinente lacerati, e poste grosse taglie su le teste di coloro, che avevano avuto ardimento di affiggerli in quei luoghi. Anzi per mostrar maggiormente la loro pertinacia, furono da' popolari eletti Ministri per empire i Tribunali del Consiglio di S. Chiara, della Regia Camera, della G. C. della Vicaria, e di quella del G. Ammiraglio, affine d'amministrare a tutti giustizia. Nè intanto si tralasciavano le zuffe più crudeli tra le soldatesche spagnuole, e quelle del popolo, che riempivano la città di terrore e di spavento.

In questo stato lagrimevole di cose, il Duca di Guisa, volendo a se trarre tutto il comando, pose gran tepidezza ne' popolari: e molta discordia ne' Capi: ciocchè fu l'origine che il Regno fosse poi confermato sotto l'imperio del Re Cattolico; poichè Gennaro Annese, che teneva il Torrione del Carmine, non poteva patire, che il Duca fossegli superior nel comando, ed il Duca non voleva sofferire per emulo dell'autorità un uomo sì vile; e procedendo perciò con gelosie e diffidenze, non mancarono di praticare insidie per torsi l'un l'altro la vita; onde nella città ed in campagna, fluttuando gli affetti, anche l'armi con varia fortuna s'agitavano. S'aggiunse la confusione in quei del partito Franzese, che col fomento del Fontanè Ambasciador di quella Corona appresso il Pontefice, pretendevano alcuni di essi di formar fazione distinta da' seguaci del Duca di Guisa. Ma questi erano pochi, e non molto forti; poichè avendo il popolo prevenuti i disegni ancora immaturi, che la Francia nudriva con alcuni Baroni, questi erano stati quasi tutti costretti, per salvarsi dall'ira e crudeltà della plebe, ad unirsi con li Spagnuoli, e contro lor voglia cospirare allo stabilimento di quell'abborrito dominio.

(Presso Lunig[35], si legge una plenipotenza spedita dal Fontanè in Roma a' 20 gennaro 1648 all'Abate Laudati Caraffa fratello del Duca di Marzano per impiegar la sua opera in far sì che la Nobiltà del Regno prendesse le armi nella presente congiuntura contra gli Spagnuoli, promettendogli in nome del suo Re, anche se non seguisse l'effetto, di rifargli le rendite, che venisse a perdere nel Regno, le quali consistevano in una Badia intitolata S. Catarina, di quattromila scudi di rendita, che possedeva nel Ducato di suo fratello, ed in cinquemila altri scudi annui di suo patrimonio).

D. Giovanni, informato di queste divisioni, pensò approfittarsene, e valendosi della discordia degli nemici, cominciò di nuovo a spingere innanzi trattati di pace, vedendo riuscire inutili ed infelici quelli di guerra, e per mezzo del Cardinal Filomarini Arcivescovo gli fece promovere, il quale scorgendo, che inutilmente si consumavano gli uffizj col Duca di Guisa, volgendosi alla parte contraria, nella quale trovò miglior disposizione, indusse l'Annese ad impiegarsi da senno a promovere la quiete, ch'egli, non men, che gli altri ardentemente desiderava, per liberarsi dal pericolo della vita, a lui dal Guisa insidiata.

Intanto essendo giunto alla Corte di Spagna l'avviso della resoluzion presa dal Consiglio Collaterale di far rinunziare al Duca d'Arcos il governo del Regno, e darne l'amministrazione a D. Giovanni, disapprovò il fatto, e mal intese, che i sudditi s'arrogassero, in materia così importante, l'autorità di togliere un Vicerè, e sostituirne altri. Non piaceva ancora per gelosia di Stato, in congiunture sì pericolose, essersi sostituita la persona di D. Giovanni, onde immantenente fu comandato al Conte d'Onnatte, che si trovava Ambasciadore del Re in Roma, che si portasse tosto al governo del Regno di Napoli con titolo di Vicerè, il quale ricevuti i Regali dispacci, con ogni prestezza si partì da Roma, e venne a Gaeta, e quindi in Baja, donde spedì un suo Segretario coi dispacci per darne la notizia a D. Giovanni, il quale immantenente nel primo giorno di marzo di quest'anno 1648, depose in mano del Conte il Governo, lasciandoci pure egli in così breve tempo tre Prammatiche, che si leggono ne' volumi di quelle: non contenendo, che le grazie, i privilegi ed il perdono conceduto da lui al popolo, come plenipotenziario del Re.