La Regina Reggente, secondo il costume introdotto dalla Corte di Spagna, avea comandato al nostro Vicerè Aragona che si fosse portato in Roma a dar in nome del Re, e suo, ubbidienza al nuovo Pontefice Clemente IX; ma tolto costui dal Mondo, per inaspettata morte, non si potendo adempire quest'ufficio con lui, fu comandato che si adempisse col suo successore Clemente X. Nel medesimo tempo fu provveduto dalla Regina, che in assenza dell'Aragona rimanesse a governar il Regno il Marchese di Villafranca, che si trovava in Napoli esercitando la carica di Capitan Generale della squadra delle galee. Fu disputato nel nostro Collateral Consiglio se al Villafranca dovessero darsi trattamenti di Vicerè, o pure di semplice Luogotenente dell'Aragona, stante che costui teneva dispacci della Corte, ne' quali gli s'imponeva, che terminata l'ambasciata dovesse tornare in Napoli a continuare il Governo; ma a cagion che per la commessione Regale dovea il Marchese riputarsi come vero ed independente Vicerè, non già Luogotenente dell'Aragona, fu per tanto determinato a suo favore. Partito adunque l'Aragona da Napoli, a' tre di gennajo di quest'anno 1671, fu dato al Marchese il possesso della carica coll'intervento degli Eletti della città, il quale (tenendosi occupato il Regal Palazzo dalla moglie di D. Pietro) scelse per sua abitazione quello de' Principi di Stigliano sopra la Porta di Chiaja.
Governò il Marchese con molto rigore e con indefessa applicazione il Regno, prendendo per esemplare il suo gran avolo D. Pietro di Toledo, che governollo ventidue anni, ma non vi durò che infino a' 25 di febbrajo; poichè l'Aragona giunto in Roma affrettò la sua ambasceria, ed avendo a' 22 gennajo fatta ivi pubblica e solenne entrata il giorno seguente, accompagnato dal Marchese d'Astorga, che si trovava in Roma ambasciador Cattolico, fece la cerimonia del bacio del piede; e dopo essersi trattenuto in quella città alquanti altri giorni in pranzi e visite, tornò in Napoli a ripigliar il governo, mal soddisfatto del rigoroso modo del Villafranca, che non ben si confaceva col suo tutto largo ed indulgente. Il marchese di Villafranca, si trattenne in Napoli sino al mese di luglio; partì poi per la Corte, dove si crede, che avendo rappresentato a que' Ministri l'avarizia di D. Pietro, e l'avidità di cumular per se denari, sicchè quando partì per Roma non avea lasciato nella Cassa militare nè pur un quattrino, avessele fatto pensare a dargli successore. Non passaron molti mesi, che s'intese essere stato a lui sostituito in questo Governo il Marchese d'Astorga, il quale trovandosi ambasciadore in Roma prese ne' principj del nuovo anno 1672 il cammino verso il Regno, ed a' 11 febbrajo giunse in Napoli, accolto con molti segni di stima da D. Pietro, il quale, soddisfatte le consuete visite, a' 14 del medesimo mese cedè il governo e con la Duchessa sua moglie se n'andò immantenente a Pozzuoli, donde poi a' 25 dello stesso mese con quattro galee si partì per Ispagna.
Fra i Vicerè che lasciarono a noi più insigni memorie, dee certamente annoverarsi D. Pietro d'Aragona. Egli per l'inclinazione grandissima che avea alle fabbriche, adornò Napoli di molti edificj. Egli ridusse in quella magnifica forma che ora si vede, l'Ospedale de' poveri di S. Gennaro fuori le mura della città, con ampliarlo di tanti corridori e stanze, e con darvi stabile e fermo governo. Egli con indicibile spesa costrusse il Porto per le Galee, ed ingrandì l'Arsenale in più ampia forma: fece quella magnifica strada adorna di tanti fonti, donde dall'Arsenale si ascende al largo avanti il Regal Palazzo, e nella cima di quella fece ergere la statua di Giove Terminale, che sostiene il cuojo, e le ale d'una grand'aquila. Abbellì il Palazzo Reale, ed aggiunse a' piedi di quella maestosa scala, fatta dal Conte d'Onnatte, le due statue de' fiumi Ibero e Tago, e sopra la porta, che comunica col Palazzo vecchio, l'altra del fiume Aragona. Egli nel Castel Nuovo unì l'Armeria Reale in quella gran sala, che soprasta al suo cortile. Rifece nel monte Echia il quartiere principale degli Spagnuoli; e v'innalzò da' fondamenti quel vasto edificio del Presidio, capace d'alloggiare più di seimila soldati. Rifece parimente le pubbliche fontane di Poggioreale, di S. Caterina a Formello, di mezzo cannone, e moltissime altre, e da' fondamenti innalzò quella di monte Oliveto. Restituì l'uso de' Bagni dell'acque minerali fuori la grotta di Coccejo, di Pozzuoli, e Baja; e perchè non se n'abolisse la memoria, in tavole di marmo fece scolpire la loro virtù ed efficacia ne' malori; donde fu data occasione a Sebastiano Bartoli famoso medico di que' tempi, di spiare più a dentro la qualità di queste acque, e compilarne perciò particolari relazioni e trattati. Ristorò in fine i nostri Tribunali, ampliando le sale del Consiglio, quelle della Vicaria, e l'altre della Regia Camera, dove per la diligenza dell'Archivario Niccolò Toppi, riordinò l'Archivio, e del di lui favore questo scrittore[56] molto si loda, narrando, che fu tre volte a vederlo, facendovi far tre nuove camere, e fece dar principio ad un Repertorio generale di tutte le scritture, che oltrepassavano il numero di trecentomila, con assegnare il salario a cinque Scrivani, li quali erano puntualmente pagati mese per mese, perchè l'opera si compisse. Accrebbe parimente lo stipendio a' Giudici di Vicaria e diede vari provvedimenti per la giusta distribuzione delle cause, afin di troncar le lunghezze delle liti e le calunnie de' litiganti.
Ma quantunque l'Aragona lasciasse a noi di se sì illustri monumenti, non è però, che non ci defraudasse all'incontro di molte insigni memorie. Egli ci tolse l'ossa del magnanimo Re Alfonso I d'Aragona, le quali, come si disse nel XXVI libro di quest'Istoria, erano rimaste in deposito nella sagrestia di S. Domenico Maggiore di questa città, dove il Re Alfonso II dal Castel dell'Uovo le fece trasportare, quando vi fu seppellito suo padre. Essendo accaduto nel 1506 un incendio in quella sagrestia, il fuoco ne consumò buona parte, ma ne scamparono il cranio ed alcune poche ossa: il cranio per ordine del Re Ferdinando il Cattolico fu consegnato al Vescovo di Cefalù, che '1 condusse in Ispagna: le ossa erano solo qui rimase: ciò che pervenuto alla notizia dell'Aragona intraprese di farle ancora colà trasportare, ed unirle col cranio. Si opposero i Monaci di quel convento, ma avendo la Regina Reggente, alle insinuazioni del Vicerè, con suo spezial dispaccio comandato, che si trasportassero in Ispagna, cessarono le contese ed i frati con pubblico istromento ne fecer la consegna al Vicerè. Ci tolse ancora, per abbellire la sua galleria in Madrid, molte insigni dipinture e statue: fra l'altre quelle dei quattro fiumi, che adornavano la Fontana della punta del Molo, l'altra di Venere, che giaceva nella fonte su l'orlo del fosso del Castel Nuovo, ed alcuni puttini e gradini di marmo tutti d'un pezzo, ch'eran collocati nella fontana Medina, opera del famoso Giovanni di Nola, li quali furono tutti da lui mandati in Ispagna.
Nel tempo del suo governo furon da lui stabilite molte provvide e sagge Prammatiche poco men di 30, per le quali riordinò i Tribunali, riformò molti abusi nelle Dogane, e diede altri provvedimenti, che sono additati nella Cronologia prefissa al primo tomo delle nostre Prammatiche.