La colonización de la isla de San Juan se paralizó con los nuevos descubrimientos como reza la carta del Obispo al Emperador, en 1546. Ya seis años antes, (1540) informaban Alonso de Cáceres, Santelaya, Castro, Espinosa y Castellanos al monarca, que la isla cada día va en disminución. Y en otro párrafo de la misma carta le dicen, que de la isla se han ido muchos vecinos con sus esclavos al Perú y Nueva España.^[16]

En 1534 informaba Francisco Manuel de Lando al Emperador, que la gente estaba muy alborotada por irse al Perú; muchos se habían ido secretamente, huyendo á las deudas, y de los que quedaban el más arraigado no habla sino Dios me lleve al Perú. Tuvo el Gobernador que tomar medidas de sumo rigor para evitar la total despblación de la isla.^[17] En Santo Domingo y Cuba también había sufrido hondas perturbaciones la colonización con las noticias que llegaban á aquellos países de las inmensas riquezas que existían en los imperios indios del continente.